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税務調査で『この経費は認められません』と言われると、頭が真っ白になりますよね。
結論から言うと、経費が否認されたら、その分だけ所得を増やして修正申告をし、足りなかった税金と加算税・延滞税を納めるのが基本の流れです。
この記事では、修正申告で何がかかるのかと、交際費と架空経費で何が違うのかが分かります。
経費を否認されたら、修正申告で何をする?
否認された経費の分だけ利益が増えるので、税額を計算し直して修正申告をします。調査の連絡の後に修正申告をすると、過少申告加算税が5%から15%の範囲でかかり、納付が遅れた日数分の延滞税もかかります。調査の連絡の前に自分で直した場合、過少申告加算税はかかりません。
「経費が落ちないだけなら、税金が少し増えるだけでは?」と思う方もいるはずです。
ただ、修正申告では、本来の税金に加えて加算税と延滞税が上乗せされるんです。国税庁の確定申告を間違えたときの説明では、過少申告加算税の割合はこうなっています。
| 修正申告をした時期 | 過少申告加算税 |
|---|---|
| 調査の事前通知の前に自分で直した | かからない |
| 事前通知の後、更正を予知する前 | 5%(当初の税額と50万円の多い方を超える部分は10%) |
| 調査の後、更正を受けた | 10%(同じく超える部分は15%) |
これとは別に、延滞税が法定納期限の翌日から納付日までかかります。令和8年は、納期限の翌日から2か月以内が年2.8%、2か月を超えた後が年9.1%です。
表を見ると分かるとおり、調査の連絡が来る前に自分で直せば、過少申告加算税はかかりません。
例えば、決算の後で私的な飲食代が経費に混ざっていたと気づいたケースです。その時点で修正申告をしておけば、負担は本来の税金と延滞税だけで済みます。
『もう出してしまったから』とそのままにせず、気づいた時に税理士に相談してみてください。

交際費の否認と架空経費の指摘は何が違う?
同じ「経費の否認」でも、交際費と架空経費では重さがまったく違います。ここが大事なところです。
交際費の否認は、多くの場合「その支出は事業に関係あるの?」という判断の違いです。例えば、取引先との会食のつもりだった飲食代が、参加者の記録がないために私的な支出と見られたケースです。
架空経費は、実際には払っていない経費を帳簿に載せることです。こちらは単なる判断違いではなく、事実と違う処理をした問題として扱われます。
| 指摘の種類 | よくある場面 | 修正申告で起きること |
|---|---|---|
| 交際費の否認 | 会食の相手や目的の記録がない | 否認分の所得が増え、過少申告加算税と延滞税 |
| 私的な支出の混入 | 家族の買い物や旅行を経費にしていた | 同じく所得が増え、加算税と延滞税 |
| 架空経費 | 存在しない外注先への支払いを計上していた | 重加算税という重い加算税の対象になりうる |
『うっかり』と『わざと』は、税務署からの見られ方が大きく変わります。架空経費を指摘された時は、自分で説明を重ねる前に税理士に相談しておきましょう。
指摘された時、税理士に頼むと何が変わる?
『もう指摘されたのに、今から税理士に頼んでも意味があるの?』と迷う方もいますよね。
実は、修正申告の前の段階でできることは残っています。否認の理由に納得できない部分がないか、他の年にも同じ処理がないかを一緒に確認できるんです。
- 調査官から、どの経費がなぜ否認されたのかを書き出してもらう
- 領収書、会食の相手のメモ、メールなど、事業との関係が分かる資料を集める
- 税理士に資料を見せ、説明できる部分と修正する部分を分ける
- 修正申告書を作って提出し、税金と加算税・延滞税を納める
税理士が税務代理をする時は、税務代理権限証書を税務署に出します。調査の立会いも税務代理の業務に含まれます。
例えば、調査の途中で相談すると、こんなやりとりになります。
「交際費のうち、取引先の名前が分かるものは説明できそうです」
「では、名前と目的を一覧にして調査官に出しましょう。説明できない分だけ修正しましょう」
国税庁の公表では、令和6事務年度の法人税の実地調査は5万4千件でした。調査は特別なことではないので、普段から記録を残しておくと、いざという時に慌てずに済みます。
調査の連絡が来た、経費の線引きに自信がない、毎年自分で申告していて誰にも見てもらっていない、という方は、顧問税理士を探しておくと安心です。
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よくある質問
経費の否認に納得できない時は、修正申告をしなくてもいいですか?
修正申告をしない場合、税務署が更正という処分をすることがあります。納得できない理由があるなら、まず資料をそろえて税理士に相談してみてください。
交際費が否認された分は、翌年の経費にできますか?
否認された支出をどう扱うかは、内容によって変わります。判断は税理士に確認してみてください。
税金を払いすぎていた年が見つかった場合はどうなりますか?
納めすぎた税金は、原則として法定申告期限から5年以内なら更正の請求ができます。
まとめ
- 経費を否認されたら、増えた所得で修正申告をして差額を納める
- 事前通知の後の修正申告は、過少申告加算税が5%から15%の範囲でかかる
- 延滞税は令和8年で年2.8%(2か月以内)と年9.1%(2か月超)
- 架空経費は重加算税の対象になりうるので、早めに税理士に相談する




