売上漏れや棚卸の計上漏れの修正申告を税理士に頼むべき理由

2026年10月7日

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決算が終わってから「期末の在庫を数え忘れていた」「12月分の売上が翌期に入っていた」と気づくと、ひやっとしますよね。

結論から言うと、税金が少なすぎた計上漏れは、気づいた時点で早めに修正申告をするのが負担を小さくする近道です。この記事では、棚卸や売上の計上漏れを直す時の考え方と、税理士に頼んだ方がいい場面が分かります。

棚卸や売上の計上漏れに気づいたら、まず何をすればいい？

先に結論

棚卸資産や売上の計上漏れで税金が少なすぎた時は、修正申告で直します。税務署から調査の連絡が来る前に自分から出せば、過少申告加算税はかかりません。逆に税金を多く払いすぎていた時は「更正の請求」という別の手続きになります。

計上漏れと一口に言っても、方向が2つあるんです。

1つは、売上や期末の在庫を少なく計上していたケースです。利益が本来より小さくなるので、税金も少なすぎた状態になります。

もう1つは、売上を過大に計上していたケースです。こちらは税金を払いすぎているので、修正申告ではなく更正の請求で取り戻します。

『在庫を数え忘れただけで、売上をごまかしたわけじゃないのに』と思う方も多いはずです。

ただ、期末の在庫が少なく載っていると、その分だけ売上原価が大きくなり、利益が小さく出てしまいます。悪気がなくても、結果として税金が足りない状態になるんですね。

少し注意したいのが「売上除外」と呼ばれるケースです。うっかりの漏れではなく、売上を意図的に帳簿から外していたと見られると、扱いがぐっと重くなることがあります。

『うちは単なる記帳ミスだから大丈夫』と思っていても、税務署から見ると区別がつきにくい場面もあるんです。どう説明するかで結果が変わることもあるので、自己判断で済ませずに税理士へ相談しておきましょう。

棚卸資産は、期末に売れ残っている商品や材料のことです。売上原価は、期首の在庫に当期の仕入れを足し、そこから期末の在庫を引いて計算します。

期末の在庫が漏れると、引き算する額が小さくなり、原価が膨らみます。原価が膨らめば、利益が小さく見えるわけです。

例えば、倉庫の奥の箱を数え忘れた小売業や、決算月に仕入れた材料を在庫に入れていなかった製造業でよく起こります。

建設業なら、まだ引き渡していない工事にかかった費用を「未成工事支出金」として資産に計上します。これを経費に入れたままにすると、同じように利益が小さく出てしまいます。

ここが大事なところです。在庫の漏れは翌期に逆の影響が出るため、2期分をまたいで直すことになりやすいんです。どの期をどう直すかは判断が分かれるので、税理士に確認しておきましょう。

修正申告で払う税金には、足りなかった本税に加えて、過少申告加算税と延滞税がかかることがあります。

国税庁のタックスアンサーでは、過少申告加算税はタイミングで次のように変わると説明されています。

延滞税は、法定納期限の翌日から納付日までの日数に応じて自動的にかかります。令和8年は、納期限の翌日から2か月以内が年2.8%、2か月を超えた後は年9.1%です（国税庁 No.9205 延滞税について）。

修正申告で納める税金は、申告書を出した日が納期限になります。つまり、出すのが遅れるほど延滞税の日数が積み上がる仕組みです。

『調査が来なければ黙っていても…』と考える気持ちも分かります。ただ、法人税の実地調査は令和6事務年度で5万4千件あり、1件当たりの追徴税額は634万2千円と公表されています（国税庁法人税等の調査事績の概要）。

見つかってから直すと加算税の割合が上がるので、気づいた時に動くのが結果的に安く済むんです。