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マネーフォワードやfreeeで帳簿を付けて、e-Taxで申告している。ちゃんとソフトを使っているから、税務調査とは無縁だと思っている方もいますよね。
結論から言うと、どの会計ソフトを使っていても税務調査が来る可能性はあります。この記事を読めば、ソフトで変わること・変わらないことと、調査に備えて見直したい点が分かります。
会計ソフトを使っていても税務調査は来る?
マネーフォワード、freee、TKCなどの会計ソフトや、エアレジ、e-Taxを使っていても、税務調査の対象になることはあります。調査は申告の内容が正しいかを確かめるもので、どの道具で帳簿を付けたかで決まるものではないからです。ただ、データが整っていると調査の時に説明しやすくなります。
『有名なソフトを使っていれば、税務署も安心してくれるんじゃないの?』と思っていませんか。
国税庁は、どんな基準で調査の相手を選ぶかを公表していません。そのため、「このソフトなら調査が来ない」と言える根拠はないんです。
参考までに、国税庁の公表では、令和6事務年度の実地調査は所得税で4万7千件、法人税で5万4千件ありました。個人も会社も、毎年これだけの数の調査が行われています。
ソフトで変わること・変わらないこと
ここが大事なところです。ソフトを使って楽になることと、ソフトでは解決しないことを表にまとめました。
| 項目 | ソフトで楽になること | ソフトでは変わらないこと |
|---|---|---|
| 記帳 | 銀行やカードの明細を取り込める | 取り込んだ取引の中身が正しいかは人が判断する |
| 勘定科目 | 候補が自動で表示される | 経費になるかどうかの判断は自分の責任 |
| 売上 | レジのデータと連携できる | 現金の入金や値引きとずれていないかの確認 |
| 申告 | e-Taxで提出できる | 申告した数字が調査で確かめられることは同じ |
| 保存 | 帳簿をデータで残せる | 領収書や契約書の保存期間は守る必要がある |

つまり、ソフトは帳簿づけの道具です。申告の中身が正しいかどうかの責任は、使っている本人にあります。
ソフトを解約する時は過去のデータに注意
『別のソフトに乗り換えたら、昔のデータが見られなくなった』という話はよく聞きます。
法人の帳簿と書類は、原則として確定申告書の提出期限の翌日から7年間の保存が必要です。調査では過去の年分を見られることもあるので、乗り換えや解約の前にデータを出力して残しておきましょう。
国税庁の案内では、調査で帳簿を出せなかった場合などに、加算税の割合が上乗せされることもあります。データの保管は、思っている以上に大事なんです。
調査の時、ソフトのデータはどう見せる?
『紙の帳簿がないけど、調査の時に困らない?』と心配する方もいるはずです。
国税庁の税務調査手続に関するFAQでは、電子データの帳簿を見せる時は、画面に表示して調査官が確認できる状態にするとされています。
提出を求められた時は、印刷して渡す、調査官の媒体にコピーする、e-Taxやオンラインストレージ、メールで送る、といった方法があります。ソフトの画面をすぐ出せるように、ログイン方法やデータの出力手順を確かめておきましょう。
ソフト任せで起こりやすいずれ
例えば、エアレジでレジを管理している年商1,500万円のカフェを考えてみてください。レジの売上と、通帳への入金、現金の残高が合っているかは、ソフトが自動で保証してくれるわけではありません。
調査の前に、税理士とこんな会話になることがあります。
「明細の自動取り込みで、個人のカードの支払いも経費に入っていたみたいで」
「どの取引か一緒に見ていきましょう。直すかどうかは中身を確かめてから決めます」
自動取り込みは便利な反面、私的な支払いが混ざったり、同じ取引が二重に入ったりすることがあります。経費になるかの判断に迷うものは、税理士に確認しておくと安心です。
ソフトで帳簿は付けているけれど、中身が合っているか自信がない。売上が伸びて確認が追いつかない。こんな状況なら、データを月ごとに見てくれる顧問税理士を探すと安心感がかなり変わります。
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調査に向けて揃える書類は税務調査の事前準備で揃える書類、税理士に調査前の説明を任せる仕組みは書面添付制度の解説で詳しく紹介しています。
よくある質問
e-Taxで申告すると税務調査が来やすくなりますか?
e-Taxは申告書を出す方法の一つです。国税庁は調査の相手の選び方を公表していないので、e-Taxだから来やすい、来にくいとは言えません。
TKCなど税理士事務所が使う会計システムなら、調査は来ませんか?
どのシステムを使っていても、調査の対象になる可能性はあります。ただ、税理士が毎月帳簿を確かめていれば、調査の時の説明はしやすくなります。
会計ソフトのデータだけ残して、紙の領収書は捨ててもいいですか?
領収書などの書類にも保存の決まりがあり、データで残す場合は電子帳簿保存法の要件があります。捨てる前に、自分の場合どうすればよいかを税理士に確認しましょう。
まとめ
- どの会計ソフトやe-Taxを使っていても、税務調査が来る可能性はある
- ソフトは帳簿づけの道具で、中身が正しいかの責任は本人にある
- 調査ではデータを画面で見せるか、印刷やコピーで提出する
- 自動取り込みの私的支出や二重計上は、税理士と一緒に見直す




