税務調査で税理士がすること｜顧問税理士が立ち会うと何が変わるのか

2026年10月7日

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税務署から税務調査の連絡が来た。『税理士に頼むと、実際には何をしてくれるの？』『立ち会ってもらうだけで何か変わるの？』と気になりますよね。

結論から言うと、税理士は事前通知の受け取りから当日の立会い、結果の説明を受けて修正申告をどうするかまで、調査のほぼ全部の場面で代わりに動けます。この記事では、税務調査で税理士がすることを場面ごとにお伝えします。

税務調査で税理士は何をしてくれる？

先に結論

税理士は、税務代理権限証書を税務署に出したうえで、事前通知の受け取りと日程の調整、帳簿の事前確認、当日の立会いと説明、結果の説明の受け取りと修正申告の判断までを担えます。普段の帳簿を知っている顧問税理士なら、準備も説明もスムーズです。

税務調査の立会いは、税理士の仕事の一つである税務代理に含まれます（日本税理士会連合会税理士とは）。調査の場で納税者に代わって主張や説明をするのも、この税務代理です。

税理士が税務代理をする時は、その権限を示す「税務代理権限証書」を税務署に出します。提出はいつでもでき、e-Taxでも出せます（国税庁 H2-1 税務代理の権限の明示）。

場面ごとに、税理士がすることを見ていきましょう。

税務調査で税理士がすること

税務調査の事前通知は、原則として電話で来ます。税務代理権限証書を出している税理士がいて、納税者が事前に同意していれば、事前通知は税理士に行えば足りるとされています（国税庁税務調査手続に関するFAQ）。

『いきなり税務署から電話が来たら、何を答えればいいか分からない…』

そう不安になる方も多いはずです。税理士が窓口になれば、日時の調整や対象の期間の確認は税理士が受けてくれます。

日程は、決算の忙しさなども考えて調整してもらえます。税理士が複数いる場合は、代表の税理士を決めておけば、事前通知はその人だけに来るようにできます。

事前通知から当日までに、税理士は帳簿や領収書、請求書をあらためて見直します。売上の計上時期や、外注費と給与の区分のように、聞かれやすいところを先に確かめておくんです。

事務所によっては、本番を想定した「模擬税務調査」をしてくれるところもあります。税理士が担当者役になって質問し、答えにくい取引がないかを事前に洗い出す練習です。

例えば、こんなやりとりを事前にしておくと、当日も落ち着いて答えられます。

「この取引先への支払いは、外注費で入れていますね。契約書はありますか」
「口約束だけで、請求書しか残っていないんです」

答えにくいところが分かれば、当日までに資料をそろえたり、説明の仕方を相談したりできます。模擬税務調査をしてもらえるかどうか、費用がかかるかは事務所ごとに違うので、依頼の前に確かめてみてください。

当日は、担当者が事業の内容を聞き、帳簿や書類を確かめていきます。税理士が立ち会っていれば、税金の考え方に関わる質問には税理士が代わりに説明できます。

ここは意外と知られていないところです。税理士ではない人が、調査の場で納税者の代わりに主張や説明をすることは原則としてできません。普段の記帳を手伝っている人でも、同席できるのは担当者が必要と認めた範囲だけです。

『社長の自分が全部答えないといけないの？』と思うかもしれません。実は、事業の中身は社長が答え、税金の扱いは税理士が説明する、という役割分担が多いんです。

担当者から指摘を受けた時も、その場で認めるかどうかを税理士と相談できます。根拠のある取引なら、資料を示して説明してもらえます。

調査で間違いが見つかると、どこがいくら違うのか説明があり、多くの場合は修正申告を勧められます。勧奨に応じるかどうかは納税者が決めることで、応じなければ税務署が更正をします。

修正申告をすると不服申立てはできなくなりますが、更正の請求はできます。指摘に納得できるか、どこまでを修正するかは、税理士と一緒に考えておきたいところですよね。

調査結果の説明は原則として納税者本人に行われます。ただ、納税者が同意すれば、税理士だけに説明してもらうこともできます。令和6年4月1日以後は、税務代理権限証書に「調査の終了の際の手続に関する同意」の欄が設けられています。

調査の全体の流れは税務調査とは？で詳しくまとめています。

税務調査は、顧問税理士がいなくても、調査の時だけ税理士に頼むことができます。ただ、両者には違いがあります。