税務調査で修正申告を求められたら？応じる前に税理士へ確認すること

2026年10月7日

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税務調査の最後に「修正申告を出してください」と言われて、その場で返事をしていいのか迷っている。そんな方も多いはずです。

結論から言うと、修正申告に応じるかどうかは自分で決められます。ただ、応じると後から争う方法が限られるので、内容に納得してから出すことが大切です。

この記事では、応じる・応じないで何が変わるか、出す前に税理士へ確認したい点が分かります。

税務調査で修正申告を求められたら、応じるかは自分で決められる

先に結論

修正申告の勧奨に応じるかは任意です。応じなければ税務署が「更正」をします。修正申告をすると不服申立てはできず、後から直す方法は「更正の請求」だけになります。指摘の金額と理由に納得できるか、出す前に税理士と確認しておきましょう。

『言われた通りにしないと、もっと厳しくされるんじゃ…』と不安になりますよね。

国税庁の「税務調査手続に関するFAQ」では、勧奨に応じなかったからといって、応じた場合と比べて不利な扱いを受けることは基本的にはないと書かれています。

調査で誤りが見つかると、税務署は誤りの内容と金額、理由を説明します。そのうえで、原則として修正申告を勧める流れです。

説明は原則として口頭です。ですから、どの取引がいくら問題とされたのか、その場でメモしておきましょう。

例えば、こんなやり取りがよくあります。

「この外注費は、実態としては給与ではないかと考えています」
「契約書と請求書があるので、税理士と確認してからお返事してもいいですか」

その場で即答しなくて大丈夫なんです。

調査には税目と対象期間が決まっています。指摘がどの年分の話なのかも、あわせて聞いておきましょう。

「修正申告は今日中に」と急かされたように感じても、内容を確かめる時間がほしいと伝えるのは自然なことです。

『どっちを選んでも同じじゃないの？』と思う方もいるはずです。

追加で払う税金の考え方は大きく変わりません。違うのは、後から「やっぱりおかしい」と思った時に使える手段です。

不服申立ては、税務署の処分が過大だと考える時に取消しなどを求める手段です。一方の更正の請求は、自分の申告が過大だったと考える時に減額を求める手段です。

修正申告は自分で出した申告なので、税務署の処分にはあたりません。だから不服申立ての対象にならないんです。

更正の請求をする時は、正しいと考える税額や理由を書いた「更正の請求書」と、事実を証明する書類が要ります。後から覆すのは手間がかかる、と考えておきましょう。

なお、税金を納めすぎた場合の更正の請求は、原則として法定申告期限から5年以内です。

『追加の税金だけじゃなくて、罰金みたいなものもあるの？』という疑問もありますよね。

修正申告で税金が増えると、過少申告加算税と延滞税がかかります。過少申告加算税は、修正申告を出すタイミングで割合が変わります。

調査の中で勧奨を受けて出す修正申告は、表の3段目にあたるのが一般的です。調査中に修正申告をしても、割合が下がるわけではない点に注意が必要です。

実は、税務署から電話や文書で「申告書を見直してください」と頼まれるケースもあります。国税庁のFAQでは、これは調査ではなく行政指導の一つとされています。

行政指導を受けて自主的に修正申告をした場合、延滞税はかかることがありますが、過少申告加算税はかかりません。税務署は、調査か行政指導かを手続の前に明示することになっています。

調査の通知が来る前に自分で直したい方は、税務調査前の修正申告と通知後の違いも読んでみてください。

延滞税は、法定納期限の翌日から納付日までの日数に応じてかかります。令和8年の割合は次の通りです。