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大きな設備を買った年に消費税の申告をしたら、還付になった。うれしい反面、『還付申告をすると税務調査が来るって本当？』と不安になりますよね。
結論から言うと、還付申告は税務署が中身を確かめやすい申告です。ただ、請求書や契約書がそろっていて、届出の手順を守っていれば、慌てる必要はありません。この記事では、還付になる仕組みと、申告前に税理士と見ておきたい点が分かります。
消費税の還付申告をすると税務調査は来るの？
還付申告は、税務署がお金を払い戻す側になる申告です。そのため、本当に仕入れがあったのか、計算や届出に誤りがないかを確認されやすいと考えておきましょう。確認の連絡は、実地の調査のこともあれば、電話や来署の依頼で済むこともあります。
消費税は、売上で預かった消費税から、仕入れや経費で払った消費税を差し引いて納める仕組みです。国税庁の仕入控除税額の計算方法（No.6401）でも、売上の消費税額から仕入れの消費税額を控除すると説明されています。
差し引く仕入れの消費税のほうが多ければ、その差額が戻ってきます。これが消費税の還付です。
つまり還付申告は、税務署がお金を払う側になる申告なんです。だからこそ、払い戻す前に「その仕入れは本当にあったのか」を確かめたくなるわけですね。
「調査」と「お尋ね」は別物です
税務署からの連絡がすべて税務調査とは限りません。国税庁の税務調査手続に関するFAQでは、申告書の計算誤りや記載漏れが疑われる時に、見直しをお願いする行政指導があると説明されています。
担当者は、調査なのか行政指導なのかを、手続に入る前に伝えることになっています。電話が来たら、まず「これは調査ですか」と聞いてみてください。
どんな時に消費税が還付になるの？
『うちは普通に商売しているだけなのに、なぜ還付に？』という方も多いはずです。還付になるのは、売上に比べて仕入れや設備投資が大きかった年です。
よくある場面を表にしました。
| 還付になりやすい場面 | 例えばこんなケース | 確認されやすい点 |
|---|---|---|
| 大きな設備投資 | 店舗の改装、機械の購入、太陽光発電設備の設置 | 契約書・請求書、支払いの記録、設備が実在するか |
| 輸出が中心の事業 | 海外の取引先に商品を売っている | 輸出を証明する書類、売上の区分 |
| 開業や法人成りの直後 | 開業準備の仕入れが先に出て、売上がまだ少ない | 課税事業者になる届出を出しているか |
| 赤字で売上が落ちた年 | 在庫を多めに仕入れたまま売上が減った | 仕入れの計上時期、在庫の数え方 |
太陽光発電の設備で還付を受けるケースは、金額が大きくなりやすいので特に確認されがちです。設備の契約書や設置の記録はひとまとめにしておきましょう。
還付申告の前に税理士へ確認しておきたいこと
ここが大事なところです。還付の可否は、申告書を書く前の「届出」で決まってしまうことがあります。
免税事業者のままだと還付は受けられない
消費税を納める義務がない免税事業者は、そもそも消費税の申告をしないので、還付も受けられません。国税庁の納税義務の免除（No.6501）には、課税事業者選択届出書を出すと課税事業者になれると書かれています。
この届出は、原則として出した課税期間の翌課税期間から効力が出ます。設備を買った後に気づいても間に合わないことがあるんです。
課税事業者を選ぶと、しばらく戻れないことも
同じページには、課税事業者を選んでから2年以内に、100万円以上の固定資産（調整対象固定資産）を仕入れて一般課税で申告した場合、原則として3年間は免税事業者に戻れないとあります。
『今年だけ還付を受けて、来年からまた免税に』と考えていた方は注意が必要です。何年分の消費税を払うことになるのか、先に税理士と試算しておきましょう。
- 課税事業者選択届出書などの届出が、間に合う時期に出ているか
- 設備や仕入れの請求書、契約書、振込の記録がそろっているか
- 仕入れの消費税を、売上の種類ごとに正しく分けて計算しているか
- 課税事業者を選んだことで、翌年以降どれくらい納税が続くか
税務署から連絡が来たらどうすればいい？
実は、連絡が来ても、多くは書類を見せて説明すれば済む話です。慌てて電話口で答えを決めず、「書類を確認してから折り返します」と伝えて大丈夫です。
例えばこんな会話になります。
「先日の還付申告について、仕入れの内容を確認させてください」<br>「担当の税理士と書類をそろえて、こちらからご連絡します」
顧問税理士がいれば、税務代理権限証書を出しておくことで、税務署とのやり取りを税理士に任せられます。立会いを含めた流れは税務調査の基本と調査の流れで詳しく書いています。
還付申告をした後で、もし申告内容の誤りが見つかったら、調査の通知が来る前に自分から直すほうが加算税の負担は軽くなります。事前通知の前に自主的に修正すれば過少申告加算税はかかりません。
用意する書類の一覧は税務調査の事前準備で揃える書類が参考になります。
大きな設備投資や太陽光発電の導入、法人成りなどで還付が見込まれる年は、届出の時期から相談できる税理士がいると安心です。
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よくある質問
消費税の還付申告をすると、税務調査は毎回来ますか？
毎回来るとは限りません。ただ、税務署が払い戻す側になる申告なので、電話や書類の提出依頼で内容を確認されることはあると考えておきましょう。
太陽光発電の消費税還付は、個人でも受けられますか？
消費税の課税事業者として申告していることが前提です。免税事業者のままでは還付を受けられないので、届出の時期を含めて税理士に確認してみてください。
還付申告の後に間違いに気づいたら、どうすればいいですか？
調査の事前通知の前に自分で修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません。どこを直すかの判断は税理士に確認しましょう。
まとめ
- 還付申告は、税務署が中身を確認しやすい申告
- 還付になるのは、設備投資や輸出などで仕入れの消費税が多い年
- 免税事業者は還付を受けられず、届出の時期が大事
- 課税事業者を選ぶと、すぐには免税に戻れないことがある
- 連絡が来たら、書類をそろえて税理士と一緒に答える
