会社の税務調査はどう進む？中小企業が顧問税理士と準備すること

2026年10月7日

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会社を経営していると、いつかは税務調査が来るのではと気になりますよね。特に小さな会社だと、経理担当も社長自身ということも多いはずです。

結論から言うと、会社の税務調査は流れがある程度決まっていて、顧問税理士と前もって準備しておけば慌てずに済みます。

この記事を読むと、中小企業の税務調査がどう進むのか、どの取引が見られやすいのか、今から何を準備すればよいかが分かります。

会社の税務調査は、どんな流れで進む？

先に結論

会社の税務調査は、原則として電話の事前通知から始まり、職員が会社に来る実地調査、指摘事項の確認、修正申告などの手続きで終わります。株式会社でも合同会社でも、規模が小さくても対象になります。連絡が来たら顧問税理士に任せて日程を決め、対象年度の帳簿と証拠書類を一緒に見直しておくのが基本です。

『うちみたいな零細企業にも来るの？』と思う方もいますよね。

実は、会社の形や規模で調査の対象から外れることはありません。合同会社や有限会社でも、法人税や消費税の申告をしていれば調査の対象になります。

法人税の実地調査は、令和6事務年度で5万4千件でした（国税庁法人税等の調査事績の概要）。

中小企業の場合、調査に来るのは主に所轄の税務署です。国税庁の説明では、法人税の調査は原則として、資本金1億円以上の法人と外国法人を国税局が担当しています（国税庁の機構）。

「税務署の監査」と呼ばれることもありますが、中身は税務調査です。言葉の違いは税務署の監査と税務調査の違いで詳しく書いています。

ここが大事なところです。流れが分かっていれば、どこで税理士に頼ればいいかも見えてきます。

会社の税務調査の流れ

事前通知は原則として電話で行われます。何日前に来るかは法律で決まっておらず、「相当の時間的余裕を置いて」とされています（国税庁税務調査手続に関するFAQ）。

納税者が事前に同意していれば、事前通知は税務代理権限証書を出している税理士にだけ行えば足ります。社長が忙しくても、日程のやり取りは税理士に任せられるんです。

例えば、こんなやり取りになります。

「来月の上旬に、法人税と消費税の調査で伺いたいのですが」

「顧問税理士と日程を相談して、改めてご連絡します」

その場で日程を決めなくても大丈夫です。

当日は、まず会社の事業内容や取引先、お金の流れについて話を聞かれることがあります。そのうえで、帳簿や請求書、通帳などを見ながら質問が続きます。

『何を聞かれるか分からなくて怖い』という方もいますよね。

税理士が隣にいれば、質問の意図を確かめてから答えられます。分からないことをその場で無理に答えず、「確認してお返事します」と言っても大丈夫です。

社長が現場に出ている会社なら、経理の資料がどこにあるかを事前に税理士と確かめておくと、当日の受け答えがずっと楽になります。

『実際の調査では、どこを見られるの？』と気になりますよね。

業種や会社の状況で変わりますが、中小企業でよく論点になるのは次のような取引です。