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モールや自社サイトで商品を売っていると、手数料や送料の明細が毎月どっさり届きますよね。『入金額だけ記帳しておけばいいかな』と考えている方も多いはずです。
結論から言うと、ネットショップの節税は「売上と手数料を分けて記帳し、年末に棚卸をすること」が土台になります。この記事では、棚卸と手数料・送料の計上、ネットショップの経費一覧を見ていきます。
ネットショップの経費と節税、どこで差がつく?
ネットショップで経費になる仕入れは、その年に売れた分だけです。年末に残った在庫は棚卸をして翌年に回します。モール手数料・決済手数料・発送の送料は、その年に発生した分を経費にできます。
国税庁の説明では、必要経費の一つ目が「総収入金額に対応する売上原価」です。(出典: 国税庁 No.2210 必要経費の知識)
つまり、仕入れた金額がそのまま経費になるわけではないんです。
年初の在庫+その年の仕入れ−年末の在庫=その年の売上原価
例えば、年末セールに備えて12月に多めに仕入れたケース。売れ残った分は年末の在庫になり、今年の経費からは外れます。
『年末に仕入れれば利益が減るのでは?』と思いますよね。実は在庫に戻るだけなので、節税にはならないんです。
小さく仕入れて転売している方は、せどりの経費と節税も参考にしてみてください。

ネットショップの経費一覧と、記帳の注意点
よく出てくる費用を表にしました。個別の判断は税理士に確認してみてください。
| 費用 | 計上の考え方 | 記帳の注意点 |
|---|---|---|
| 商品の仕入れ | 売れた分が売上原価 | 年末に棚卸をする |
| モールの出店料・販売手数料 | その年の経費 | 売上と相殺せずに分ける |
| 決済手数料 | その年の経費 | 入金明細から拾い出す |
| 発送の送料 | その年の経費 | 送料を購入者から受け取る場合は売上に入れる |
| 広告費 | その年の経費 | モール内広告も明細を保存 |
| 梱包資材 | その年の経費 | 私用と分けて買う |
| ネットショップ作成サービスの利用料 | その年の経費 | 契約明細を保存する |
一番多いミスが、モールからの入金額をそのまま売上にしてしまうことです。
「売上、入金額で記帳してました」
「それだと手数料も売上も小さく見えてしまうんです」
入金額で記帳すると、利益は同じでも売上と経費の金額がずれます。売上は販売額で立てて、手数料は経費に分けておきましょう。
棚卸はどうやる?
棚卸は、12月31日時点で手元にある商品を数えて、仕入れ値で金額を出す作業です。
- 商品ごとの仕入れ値が分かる一覧
- 倉庫・自宅・配送代行先など、在庫がある場所の一覧
- 出品中で未発送の商品のリスト
配送代行や倉庫に預けている在庫も、自分の在庫として数えます。数え忘れが出やすいので、預け先ごとに在庫数を確認しておくと安心です。
インボイスと少額特例
課税事業者になっている場合、仕入れの消費税を差し引くには原則インボイスの保存が要ります。
基準期間の課税売上高が1億円以下などの事業者は、税込1万円未満の仕入れなら帳簿の保存だけで控除できる「少額特例」があります。期間は令和11年9月30日までです。(出典: 国税庁 少額特例の概要)
注文が増えてきたら、税理士に任せると楽
モールが2つ、3つと増えると、明細の形式もばらばらになりますよね。
『棚卸の金額、これで合っているのかな』と不安なまま申告するより、記帳と決算をまとめて相談できる相手がいると楽です。
例えば、個人でモール2店舗と自社サイトを運営し、在庫を配送代行に預けているケース。この場合は、明細の取り込みから棚卸までを顧問の税理士に頼むと、毎月の手間がぐっと減ります。
反対に、注文が月に数件で在庫も少ないなら、確定申告だけをスポットで頼む方法もあります。令和8年分の確定申告の期限は令和9年3月15日なので、年明けすぐに相談しておくと慌てずに済みます。
費用の目安として、税理士ドットコムが示す個人事業主の顧問契約は、売上1,000万円未満で毎月20,000円から、1,000万円から3,000万円未満で毎月25,000円からとされています。事務所ごとに自由に決まるので、税理士の顧問料相場もあわせて見てみてください。
注文が増えて記帳が追いつかない方や、在庫の数え方に自信がない方は、一度税理士を探してみると楽になります。
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記帳や申告に手が回らない、法人化を考えている、今の税理士の対応に不満があるといった場合は、条件に合う顧問税理士を紹介してもらうのが近道です。税理士ドットコムなら、全国7,500名以上の登録税理士から、予算や業種に合う税理士を無料で紹介してもらえます。
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よくある質問
モールの手数料が引かれた後の金額を売上にしてもいいですか?
売上は販売額で立てて、手数料は経費として分けて記帳するのが基本です。迷う時は税理士に確認してみてください。
棚卸は毎年やらないといけませんか?
年末の在庫を差し引いて売上原価を出すので、在庫がある限り毎年の作業になります。数え方は税理士に相談すると安心です。
購入者から受け取った送料はどう扱いますか?
購入者から受け取る送料は売上に入れ、実際に払った送料を経費にする形が一般的です。個別の判断は税理士に確認を。
まとめ
- ネットショップの仕入れは、売れた分だけがその年の経費
- 年末に棚卸をして、残った在庫は翌年に回す
- 売上は販売額で立て、モール手数料・決済手数料は経費に分ける
- 注文が増えて記帳が追いつかないなら、税理士に任せると楽




