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注文は毎日入るのに、通帳に入ってくるのは手数料が引かれたまとまった金額だけ。どの注文の分なのか分からなくて、記帳が止まっているという方も多いですよね。
結論から言うと、ネットショップの税理士顧問料は「毎月の顧問料+決算・申告料」が基本で、決済代行やモールの入金データの突き合わせをどこまで任せるかで上乗せが決まります。
この記事を読むと、自分のお店の規模でいくら見ておけばよいかと、任せる範囲の線の引き方が分かります。
ネットショップの税理士顧問料の相場はいくら?
税理士ドットコムが示す目安では、個人のネットショップで売上1,000万円未満なら毎月訪問の顧問料が月20,000円〜、確定申告料が80,000円〜です。法人なら売上1,000万円未満で月25,000円〜、決算料100,000円〜で、入金データの記帳まで頼むと記帳代行の料金が加わります。
『ネットの商売なら、訪問なしで安くなるのでは?』と思う方もいるはずです。
実は、訪問の回数を減らすと顧問料の目安も下がります。税理士報酬は2002年に報酬規定が廃止されていて、事務所ごとに頼む内容を見て金額を決めているからです。
ここで紹介するのは、税理士ドットコムが公表している民間の目安です。
個人のネットショップの目安
| 年間売上 | 毎月 | 3か月に一度 | 6か月に一度 | 確定申告料 |
|---|---|---|---|---|
| 1,000万円未満 | 20,000円〜 | 15,000円〜 | 10,000円〜 | 80,000円〜 |
| 1,000万〜3,000万円未満 | 25,000円〜 | 不明 | 不明 | 100,000円〜 |
法人のネットショップの目安
| 年間売上 | 毎月 | 3か月に一度 | 6か月に一度 | 記帳代行(月額) | 決算料 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1,000万円未満 | 25,000円〜 | 20,000円〜 | 15,000円〜 | +5,000円〜 | 100,000円〜 |
| 1,000万〜3,000万円未満 | 30,000円〜 | 25,000円〜 | 20,000円〜 | +5,000円〜 | 120,000円〜 |
| 3,000万〜5,000万円未満 | 35,000円〜 | 30,000円〜 | 25,000円〜 | +5,000円〜 | 140,000円〜 |
顧問契約をせず確定申告だけ頼む場合は、青色申告で売上1,000万円未満なら7万円〜、記帳代行込みなら15万円〜という目安もあります。
例えば、年商2,000万円の法人のネットショップが、3か月に一度の顧問と決算を頼むケースです。目安の下限で計算すると、顧問料25,000円×4回と決算料120,000円で、年220,000円からというイメージになります。
決済代行の入金データは、なぜ記帳がややこしいの?
ネットショップの売上は、クレジットカード、コンビニ払い、後払い、モールの売上金など、入口がいくつもありますよね。
それぞれ決済代行会社やモールが手数料を引いてから、締め日ごとにまとめて振り込みます。
ここが大事なところです。
会計では、売上は手数料を引く前の金額で計上して、手数料は別に経費にするのが基本です。振込額をそのまま売上にすると、売上が実際より小さく記帳されてしまいます。
例えばこんな場面です。
「通帳には先月分として、ひとまとめで振り込まれているだけなんです」
「では、決済代行の管理画面から売上明細と手数料明細を出して、両方を突き合わせましょう」
さらに、注文日、発送日、入金日がずれるのもネットショップの特徴です。月末に発送した商品の売上が翌月の入金になることもあるので、どの日で売上を立てるかを決めておく必要があります。
返品・キャンセル・ポイントも混ざる
返品やキャンセルの返金は、次の入金から差し引かれることがあります。モール独自のポイントやクーポンの負担分が入金明細に混ざっていることもありますよね。
こうした細かい差し引きを一件ずつ追うのが、記帳で特に時間を取られる所です。

入金データはどこまで任せる?自分でやる範囲との線引き
『全部任せたいけど、費用が心配』というのが本音だと思います。
線の引き方は、注文件数と決済手段の数で考えると分かりやすいです。
| お店の状況 | 合う頼み方 | 自分でやること |
|---|---|---|
| 個人で決済手段が1〜2種類、注文は少なめ | 確定申告だけスポット | 会計ソフトの自動連携で記帳、月1回の見直し |
| 決済手段やモールが複数、注文が毎日入る | 3か月に一度か毎月の顧問契約 | 管理画面から明細をダウンロードして渡す |
| 法人化して在庫も多い、外注スタッフもいる | 毎月の顧問+記帳代行 | 仕入れと在庫の数字をそろえる |
スポットの記帳代行は、1仕訳50〜100円が税理士ドットコムの示す目安です。注文1件ごとに仕訳を起こすか、日ごとにまとめるかで件数が大きく変わるので、見積もりの前に聞いてみてください。
在庫と送料・広告費もセットで見てもらう
ネットショップは仕入れた商品が売れるまで在庫として残ります。期末に残っている在庫は数えて、その期の費用から外す必要があります。
倉庫委託をしている場合は、委託先の在庫データを使うと棚卸が楽です。送料や広告費も毎月の額が大きくなりやすいので、月次でまとめて見てもらいましょう。
インボイスで確認しておきたいこと
お客さんが消費者中心のお店でも、仕入先や外注先とのやり取りではインボイス制度が関わります。
基準期間の課税売上高が1億円以下などの事業者は、税込1万円未満の仕入れならインボイスがなくても帳簿の保存だけで仕入税額控除ができる少額特例があります。期間は令和11年9月30日までです。
消費税の申告が必要になる時期や、2割特例が使えるかどうかは、税理士に一度確認しておくと安心です。
顧問税理士を選ぶ時に確認したいことは?
ネットショップの経理は、普通の店舗と勝手が違う所が多いですよね。見積もりを取る時は、金額だけで決めずに次の点を聞いてみてください。
- 使っている決済代行やモールの明細データを取り込んだ経験があるか
- 売上を注文日・発送日・入金日のどれで立てる考えか
- 注文1件ごとの仕訳か、日ごとのまとめ仕訳か
- 在庫の数え方と、倉庫委託先のデータを使えるか
チャットやオンライン会議で相談できるかも、忙しい店主さんには大事なポイントです。
店舗も構えている場合は、小売業の税理士顧問料の相場も合わせて読んでみてください。顧問料そのものの決まり方は税理士の顧問料相場で紹介しています。
こんな時は顧問税理士を探すと楽です
注文が増えて入金データの突き合わせが追いつかない時や、売上が伸びて法人化を考え始めた時は、顧問税理士を探すタイミングです。
決済手段やモールを増やした直後も、最初の数か月だけ記帳の仕組みを一緒に作ってもらうとその後が楽になります。
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記帳や申告に手が回らない、法人化を考えている、今の税理士の対応に不満があるといった場合は、条件に合う顧問税理士を紹介してもらうのが近道です。税理士ドットコムなら、全国7,500名以上の登録税理士から、予算や業種に合う税理士を無料で紹介してもらえます。
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よくある質問
ネットショップは訪問なしの顧問契約でも大丈夫ですか?
訪問回数を減らした契約は、目安の上でも顧問料が下がります。データのやり取りが中心になる業種なので、オンラインで相談できる事務所なら困ることは少ないはずです。
決済代行の手数料は経費になりますか?
売上から差し引かれる手数料は、一般に支払手数料として経費にします。売上は手数料を引く前の金額で計上するのが基本です。個別の扱いは税理士に確認しておきましょう。
副業でネットショップをしていても顧問税理士は必要ですか?
注文が少なく決済手段も限られているなら、確定申告だけのスポット依頼で足りることも多いです。注文や在庫が増えてきた段階で顧問契約を考えてみてください。
まとめ
- ネットショップの顧問料は、税理士ドットコムが示す目安で個人の売上1,000万円未満なら月20,000円〜、法人なら月25,000円〜
- 決済代行やモールの入金は手数料が引かれてまとめて入るので、売上と手数料を分けて記帳する
- 注文件数と決済手段の数で、スポットか顧問契約かを考える
- 見積もりでは、明細データの取り込み経験と仕訳の単位を聞いておく




