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売上が1000万円を超えてきて、『そろそろ税務調査が来るのでは』と気になっている方も多いはずです。
結論から言うと、売上の額だけで調査が決まるわけではありません。ただ、1000万円を超えると消費税の申告が加わり、見られる書類が増えます。この記事では、その時に税理士の立会いで何が変わるかが分かります。
売上1000万円の個人事業主に税務調査は来やすい？
「売上1000万円を超えたら調査が来る」という基準は公表されていません。ただ、売上が1000万円を超えると、その2年後から消費税の申告と納税が必要になる場合があり、調査では所得税と消費税をまとめて確認されることがあります。帳簿と申告の数字が合っているかを、税理士と一緒に確かめておくと安心です。
実は、国税庁が公表している調査の件数を見ると、個人の調査は「実地調査」だけではありません。
令和6事務年度（令和6年7月から令和7年6月）の所得税では、実地調査が4万7千件、文書や電話で確認する「簡易な接触」が68万9千件でした。実地調査1件当たりの追徴税額は241万円と公表されています。
つまり、自宅や事務所に来る調査より、まず手紙や電話で問い合わせが来るケースのほうがずっと多いんです。数字の出所は国税庁の令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況です。
調査全体の流れは税務調査とは？調査の流れで詳しく書いています。
1000万円を超えると何が増えるの？
『売上が増えただけで、やることは同じでしょ？』と思いますよね。
ところが、消費税のルールが変わります。国税庁のタックスアンサー No.6501では、基準期間の課税売上高が1,000万円以下なら、原則として消費税の納税義務が免除されるとしています。
個人事業者の基準期間は「その年の前々年」です。さらに前年の1月1日から6月30日までの課税売上高が1,000万円を超えた場合も、免除になりません。
例えば、2024年の売上が1000万円を超えた個人事業主のケースでは、2026年分から消費税の申告が必要になる流れです。インボイスに登録している人は、売上に関係なく課税事業者になっています。
| 項目 | 売上1000万円以下が続く場合 | 売上1000万円を超えた後 |
|---|---|---|
| 所得税の確定申告 | 必要 | 必要 |
| 消費税の申告 | 原則不要（インボイス登録者は必要） | 基準期間で超えた年分から必要 |
| 調査で見られやすい書類 | 帳簿・領収書・通帳 | 左に加えて請求書・消費税の計算 |
| 税理士への頼み方の目安 | 確定申告だけのスポットでも回る | 顧問契約を考え始める時期 |
ここが大事なところです。消費税の申告を自分でするようになって1年目、2年目は計算の誤りが出やすい時期でもあります。
税理士が立ち会うと調査はどう変わる？
税務調査の立会いは、税理士の「税務代理」の仕事です。税理士は税務代理権限証書を税務署に出して、あなたの代わりに説明できます。
立会いで変わるのは、主にこの3つです。
- 事前通知の連絡を、同意があれば税理士が受けられる
- 調査官の質問に、税理士が帳簿の根拠を説明できる
- 指摘された内容が妥当か、その場で税理士と相談できる
国税庁の税務調査手続に関するFAQによると、事前通知は原則電話です。納税者が同意していれば、税務代理権限証書を出している税理士への通知で足りるとされています。
例えばこんな場面です。調査官から「この外注費の請求書はありますか」と聞かれた時、税理士がいれば「その月はこちらの通帳の振込と合わせて確認できます」とすぐ答えられます。
指摘に納得できない時の考え方は見解の相違を税理士と争う方法にまとめています。
調査の前にやっておきたいことは？
『帳簿はつけているけど、全部そろっているか自信がない』という方も多いですよね。
青色申告の帳簿は原則7年間、請求書や納品書などは5年間の保存とされています（国税庁タックスアンサー No.2070）。まずはこの期間の書類が手元にあるかを確かめておきましょう。
もう一つ知っておきたいのが、事前通知の前に自分で直すと負担が軽くなる点です。過少申告加算税は、事前通知の前に自主的に修正申告すればかかりません。事前通知の後だと5%、調査の後だと10%になります。
申告に誤りがありそうなら、連絡が来る前に税理士に見てもらうのがおすすめです。個別のケースで経費になるかどうかの判断は、税理士に確認してみてください。
顧問料の目安も気になりますよね。税理士ドットコムが示す目安では、売上1,000万〜3,000万円未満の個人事業主の顧問契約は毎月25,000円から、確定申告料100,000円からとされています。報酬は自由化されているので、事務所ごとに違います。詳しくは税理士の顧問料相場を見てみてください。
売上が伸びて記帳が追いつかない、消費税の申告が初めてで不安、そんな状況なら顧問税理士を探しておくと楽になります。
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よくある質問
売上が1000万円を超えたら、すぐ消費税を払うのですか？
個人事業者は前々年が基準期間なので、原則は超えた年の2年後の年分からです。ただし前年1月から6月の課税売上高が1,000万円を超えた場合や、インボイスに登録している場合は扱いが変わります。自分の年分は税理士に確認してみてください。
調査の連絡が来てから税理士を探しても間に合いますか？
間に合うケースもあります。事前通知の日程は相談できることが多いので、まず日程を確かめてから税理士を探す順番がおすすめです。
税理士に立会いだけを頼むことはできますか？
立会いだけを引き受ける税理士もいます。ただ、申告を作っていない税理士は帳簿を一から読み込む必要があるため、費用や準備の時間は事務所によって変わります。
まとめ
- 売上1000万円を超えたら調査が来る、という公表された基準はない
- 超えると2年後から消費税の申告が加わり、見られる書類が増える
- 税理士の立会いで、事前通知の受け取りや説明を任せられる
- 誤りに気づいたら、事前通知の前に修正すると加算税が軽くなる
