税務調査の指摘に納得できない時は？見解の相違を税理士と争う方法

2026年10月7日

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税務調査で経費を否認されたけれど、どう考えても事業に使ったお金だ。調査がしつこいし、細かいところまで厳しく聞かれて、もう言われるままにした方が楽かも。そんなふうに揺れている方も多いはずです。

結論から言うと、納得できない指摘には、その場でサインせずに根拠を確かめる時間を取ってかまいません。この記事を読めば、修正申告と更正の違い、不服申立ての期限、税理士と争う時の進め方が分かります。

税務調査の指摘に納得できない時はどうする？

先に結論

修正申告の勧奨に応じるかどうかは、納税者の任意の判断です。応じなければ税務署が更正の処分をし、その処分には不服申立てができます。ただ、修正申告を出すと不服申立てはできなくなるので、出す前に税理士と根拠を確かめておきましょう。

『断ったら、もっと厳しく調べられるんじゃないか』と不安になりますよね。

国税庁の税務調査手続に関するFAQでは、勧奨に応じなかったからといって、応じた場合より不利な扱いを受けることは基本的にないとしています。

まず知っておきたいのは、調査の終わり方が2つあることです。

終わり方	誰が税額を直すか	後から争う手段
修正申告に応じる	納税者が自分で申告を出し直す	不服申立てはできない。更正の請求はできる
勧奨に応じない	税務署が更正の処分をする	再調査の請求か審査請求ができる

ここが大事なところです。修正申告は「自分で出した申告」なので、処分を取り消してほしいという形では争えなくなるんです。

税務調査で意見が分かれるのは、事実そのものより「その事実をどう扱うか」の場面が多いです。

例えば、こんな場面です。

調査の場では、次のようなやりとりがよくあります。

「この食事代、事業との関係が分かる資料はありますか？」
「相手先と打ち合わせをした時のメールなら残っています」

このとき、メモや契約書、メールなどの記録があれば、見解の相違として説明できます。逆に記録が何も無いと、主張の根拠が弱くなってしまいます。

『感覚では事業用なのに』と思っても、伝わるのは記録です。調査中に言われた指摘は、項目ごとにメモしておきましょう。

『もし更正を受けたら、いつまでに何をすればいいの？』という疑問に答えておきますね。

国税不服審判所の案内によると、不服申立ては処分の通知を受けた日の翌日から原則として3か月以内です。

更正を受けた後の流れ

審査請求は、再調査の請求を経ずに直接出すこともできます。国税不服審判所は、審査請求から裁決までの標準的な期間を1年と定めています。

審査請求そのものに手数料はかかりません。ただ、証拠書類の写しを請求する時は、原則1枚10円の手数料がかかります。

すでに修正申告を出してしまった方もいますよね。

その場合は、不服申立てではなく「更正の請求」という手段になります。正しいと考える税額や理由を書いた更正の請求書に、事実を証明する書類を付けて出します。

更正の請求ができるのは、原則として法定申告期限から5年以内です。気づいた時点で早めに税理士に相談してみてください。

見解の相違は、税法の読み方の話になりやすいです。自分ひとりで調査担当者と話すと、論点がずれたまま進んでしまうことも。

税理士は、税務代理として調査の立会いや主張・陳述ができます。税務代理権限証書を出しておけば、調査の事前通知も税理士あてにしてもらえます（納税者の同意がある場合）。

なお、調査の途中から税理士に頼むこともできます。詳しくは税務調査の流れと顧問税理士の役割も読んでみてください。

立会いや不服申立ての費用には公的な基準がありません。報酬規定は2002年に廃止され、各税理士が依頼内容に応じて提示します。顧問料の目安は税理士の顧問料相場で紹介しています。

『争うほどの金額なのか分からない』という段階でも、相談の価値はあります。指摘が多くて記帳が追いついていない、毎年同じ論点で迷っているという方は、この機会に顧問税理士を探しておくと次の調査が楽になります。

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