障害福祉事業所の税理士選びは国保連からの給付費の入金管理に強いかで決める

2026年10月7日

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障害福祉事業所を始めたものの、国保連からの入金と自分の帳簿が合わなくて頭を抱えている方も多いはずです。

結論から言うと、税理士選びは「給付費の請求と入金のズレを帳簿で追えるか」で決めるのが近道です。この記事を読むと、障害福祉事業所の顧問税理士を面談で見極めるポイントが分かります。

障害福祉事業所の税理士選びで、まず見るべき所は？

先に結論

障害福祉事業所の税理士は、国保連への請求額・実際の入金額・返戻や過誤の差額を、月ごとに帳簿でつなげて説明できる人を選びましょう。福祉の制度に詳しいだけでは足りず、そのお金の流れを会計に落とし込めるかが分かれ目です。

障害福祉サービスの売上は、利用者から直接もらうお金より、市区町村から国保連を通して入る給付費が中心ですよね。

ここが一般の店舗やサービス業と大きく違うところなんです。売上を立てる月と、お金が口座に入る月がずれるからです。

『売上なんて入金を見れば分かるでしょ』と思うかもしれません。ただ、入金だけを見ていると、どの月のサービス分がいくら入ったのかが分からなくなります。

例えば、こんな会話になりがちです。

「先月の入金、請求した額より少ないんですけど」
「返戻になった分ですね。翌月の再請求で入ってきますよ」

この説明をすぐにしてくれて、帳簿のどこに残っているかまで見せてくれる税理士なら安心です。

障害福祉サービスと障害児通所支援は、一部を除いて国保連に電子請求する仕組みです（板橋区「障害福祉サービスおよび障害児通所支援の請求・過誤申立手続きについて」）。

流れの一例として、杉並区の事業所説明会資料では次のように説明されています（杉並区令和6年度障害福祉サービス等に関する事業所説明会資料「国保連請求事務」）。

細かい日程は、事業所のある自治体や国保連の案内で確かめておきましょう。

ポイントは、サービスを提供してから入金までに時間がかかることです。例えば4月に提供したサービスは5月10日までに請求し、杉並区資料の流れでは支払が6月15日になります。

この間も職員の給料や家賃は毎月出ていきますよね。だからこそ、未収の給付費がいくら残っているかを毎月つかめる体制が欠かせません。

杉並区の資料では、返戻は支払確定前の請求を差し戻すこと、過誤は支払が確定した請求を取り下げることと説明されています。

どちらも翌月に再請求が必要です。つまり、同じ利用者の同じ月の売上が、2回に分かれて入ってくることがあるんです。

『入金がまとめて来たから、全部今月の売上でいいか』と処理してしまうと、月ごとの数字がぶれます。返戻・過誤の扱いを最初から決めてくれる税理士かどうかは、面談で聞いておきたいところです。

実は、入金管理以外にも業種ならではの確認事項がいくつかあります。代表的なものを見ておきましょう。

国税庁は、社会福祉法に規定する社会福祉事業等によるサービスの提供などを、消費税の非課税取引として挙げています（国税庁タックスアンサー No.6201 非課税となる取引）。

ただ、事業所の収入には給付費のほかに、利用者から受け取る実費などが混ざることもあります。どれが非課税でどれが課税になるかは、取引ごとに税理士に確認しておきましょう。

インボイス登録をするかどうかも、この売上の中身しだいで考え方が変わります。

障害福祉事業所は、支出の多くが人件費になりやすい業種ですよね。

処遇改善の加算のように、受け取った額と職員への支払を後から説明する必要が出てくる場面もあります。要件の細かい中身は、指定権者（都道府県や市）の案内で確かめておきましょう。

税理士に頼む時は、加算の入金と賃金の支払を帳簿の上で分けて追えるようにしてもらうと、報告の時期に慌てずに済みます。

職員を雇うと、給与から源泉所得税を差し引いて納める仕事が毎月発生します。原則は支払った月の翌月10日までに納付です。

給与の支給人員が常時10人未満なら納期の特例があり、1月から6月分は7月10日、7月から12月分は翌年1月20日にまとめて納められます（国税庁タックスアンサー No.2505）。

給与計算を社労士に頼むか、税理士にまとめて頼むかも、早めに決めておくとスムーズです。分担のしかたは社労士と税理士の分担の考え方も参考にしてみてください。

『うちはまだ小さいし、顧問まで要るのかな』と迷う方もいますよね。規模ごとの目安を表にしてみました。