ネットショップの税理士の選び方とECサイト運営で頼む業務範囲

2026年10月7日

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ネットショップを運営していると、『モールの入金明細が細かすぎて、帳簿にどう書けばいいか分からない』と手が止まることがありますよね。

結論から言うと、ECの税理士は「モールや決済サービスのデータを使った記帳に慣れているか」で選ぶと失敗しにくいです。この記事では、ECサイト運営で税理士に頼める業務範囲と、選ぶ時のポイントが分かります。

ネットショップに強い税理士はここを見る

先に結論

ネットショップに強い税理士とは、モール・自社サイト・決済サービスの入金データから売上と手数料を分けて記帳でき、在庫の計算や消費税・インボイスの判断まで相談できる税理士です。注文数が増えて記帳が追いつかない時や、売上が1,000万円に近づいた時が顧問を考えるタイミングです。

ECは、店舗の商売と比べてお金の流れが複雑になりがちなんです。注文、決済、発送、入金のタイミングがそれぞれずれますよね。

しかも入金は、販売手数料や決済手数料、送料、ポイントの分が差し引かれた金額で届きます。入金額をそのまま売上にすると、売上も経費も実際より少なく見えてしまいます。

例えばこんなやり取りになります。

「モールからの入金額を売上にしていたんですが、それでいいですか」

「入金明細を見ると、手数料が引かれた後の金額です。売上と手数料を分けて記帳し直しましょう」

ここにすぐ気づいてくれる税理士なら、EC事業の顧問として頼りになります。

逆に、明細の見方から一緒に調べることになる税理士だと、毎月のやり取りに時間がかかってしまうことも。最初の面談で、実際の入金明細を見せてみると相性が分かりやすいです。

ネットショップの取引で、税理士に相談することが多い論点をまとめました。

消費税は、国税庁のタックスアンサー「納税義務の免除」で、個人は前々年、法人は前々事業年度の課税売上高が1,000万円以下なら原則として納税義務が免除されるとされています。インボイスの登録をすると免除にはなりません。

仕入れ側では、国税庁の少額特例の概要にあるとおり、基準期間の課税売上高が1億円以下などの事業者は、税込1万円未満の課税仕入れならインボイスがなくても帳簿の保存だけで仕入税額控除ができます。期間は令和11年9月30日までです。

梱包材や消耗品を細かく買うECには助かる特例ですよね。使えるかどうかは、税理士に確認してみてください。

『全部任せるといくらかかるの？』と迷う方も多いはずです。税理士に頼める仕事は、だいたい次の4段階に分かれます。

頼む範囲の決め方

ここが大事なところです。ECの場合、記帳代行を頼むなら、どの販売先のデータをどの形で渡すかを最初に決めておくとスムーズなんです。

目安として、税理士ドットコムが示す料金は次のとおりです。

注文の多いショップは仕訳の数が増えるので、記帳代行を1仕訳いくらで頼むと思ったより高くなることも。月の注文件数を伝えたうえで見積もりを取ってみてください。どれも民間の目安です。顧問料の決まり方は税理士の顧問料相場で解説しています。

『うちの規模だと、どの段階がちょうどいいの？』という方のために、よくあるケースで分けてみました。