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フランチャイズに加盟して店を始めたけれど、税金のことは本部が見てくれるのか、自分で税理士を探すべきなのか。ここで迷う加盟店オーナーは多いですよね。
結論から言うと、本部は経営の指導はしても、あなたの店の申告までは代わりにしません。この記事では、加盟店ならではの税務と、税理士の選び方が分かります。
フランチャイズ加盟店の税理士はどう選べばいい?
フランチャイズ加盟店の税理士は、ロイヤリティや加盟金の処理、本部から届く売上データと通帳の突き合わせに慣れているかで選びましょう。申告の責任は加盟店のオーナー自身にあるので、本部の会計サービスとは別に、自分の側に立つ税理士がいると安心です。
加盟店は、本部とは別の事業者です。個人で加盟していればオーナー個人の確定申告、法人なら法人の申告が要ります。
本部によっては、会計の集計や記帳のサービスを用意していることも。ただ、税務代理や申告書の作成、税務相談ができるのは税理士などに限られています。
『本部の会計サービスがあるなら、それで十分では?』と思いますよね。集計までは任せて、申告と相談を税理士に頼む形もよくあります。どこまでが本部の範囲かを、契約書で確かめておきましょう。
スタッフを雇う店は給与の手続きも
飲食や小売の加盟店は、開業してすぐにアルバイトを雇うことが多いですよね。給与から引いた源泉所得税は、原則として支払った月の翌月10日までに納めます。
給与の支給人員が常時10人未満なら、納期の特例で1〜6月分を7月10日、7〜12月分を翌年1月20日にまとめて納められます。シフトの人数が多い店ほど、給与まわりも頼めるかを確かめておきましょう。
加盟店で論点になるロイヤリティと加盟金
加盟店の帳簿で特徴的なのは、本部に払うお金の扱いです。払い方や名目によって処理が変わるので、ここに慣れた税理士だと話が早いんです。
| 本部に払うお金 | 帳簿で気をつけたい点 |
|---|---|
| ロイヤリティ(売上や粗利に連動) | 本部の精算書と自店の売上が合っているか |
| 加盟金 | 払った年に一度に経費にできるかどうか |
| 研修費・開業支援費 | 何の対価かを契約書で確かめる |
| 広告分担金・システム利用料 | 毎月の精算書から漏れなく拾う |
| 保証金 | 返ってくるお金かどうか |
例えばこんな場面です。本部が売上を集めて、ロイヤリティや商品代を差し引いた残りを振り込んでくる。この場合、通帳の入金額だけを売上にすると、差し引かれた分が帳簿から抜けてしまいます。
加盟金や保証金は、契約の中身によって扱いが分かれます。返還の約束があるか、何年の契約かで変わることもあるので、判断は税理士に確認しておきましょう。

インボイスと消費税で確かめたいこと
ロイヤリティを経費にするだけでなく、消費税の仕入税額控除を受けるには、原則として本部が出すインボイスの保存が要ります。インボイス制度は令和5年10月1日に始まっています。
基準期間の課税売上高が1億円以下の事業者なら、税込1万円未満の課税仕入れはインボイスがなくても帳簿の保存だけで控除できる少額特例があります。期間は令和11年9月30日までです。
免税事業者だったオーナーがインボイス登録で課税事業者になった場合は、2割特例も関わってきます。令和5年10月1日から令和8年9月30日の日の属する課税期間は、納付税額を売上税額の2割にできる仕組みです。
『うちはどの特例が使えるの?』という判断は、売上の規模や登録の時期で変わります。ここは税理士と一緒に確かめておくと安心です。
顧問料の目安と頼み方
税理士の報酬は自由に決められるため、公的な相場はありません。税理士ドットコムが示す目安では、売上1,000万〜3,000万円未満の個人事業主の顧問契約で毎月25,000円〜、確定申告料100,000円〜です。
法人なら、売上3,000万〜5,000万円未満で毎月35,000円〜、決算料140,000円〜が目安とされています。本部の会計サービスで記帳が済んでいれば、記帳代行の分は抑えられることも。
面談では、こう聞いてみてください。
「本部から届く月次の精算書を、そのまま帳簿に使えますか?」
「2店舗目を出す時に、法人化も一緒に相談できますか?」
複数店舗や法人化の時期については顧問を頼むべき時期の目安、月額の決まり方は税理士の顧問料相場にまとめています。
本部の精算書と通帳が合わない。2店舗目を考えている。消費税の申告が初めてで不安。そんな加盟店オーナーなら、顧問税理士を探しておくと本業に集中しやすくなります。
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よくある質問
フランチャイズ本部が税理士を紹介してくれることはありますか?
本部によっては提携先を案内していることもあります。紹介を受けるかどうかはオーナーが決められるので、自店の相談にしっかり乗ってくれるかを面談で確かめてから選んでみてください。
ロイヤリティは経費になりますか?
事業のために本部へ払うロイヤリティは、通常は経費として扱います。ただ、本部の精算書と自店の売上が合っているか、インボイスを保存しているかもあわせて確かめておきましょう。
加盟金は払った年に全部経費にできますか?
契約の中身によって、払った年に一度に経費にできない場合があります。返還の約束や契約期間でも扱いが変わるので、契約書を持って税理士に相談するのが安心です。
まとめ
- 加盟店の申告はオーナー自身の責任で、本部が代わりに申告するわけではない
- ロイヤリティや加盟金、保証金は、契約の中身で帳簿の扱いが変わる
- 本部から差し引かれた入金は、売上と経費に分けて帳簿に載せる
- インボイスの保存と、使える消費税の特例を税理士と確かめておく




